根據文獻所載，《難經》的著作時代，當在《內經》之後，《傷寒雜病論》之前，經歷了較長時間的輾轉相傳，不斷修改、整理、補充的過程，而逐步寫成的。

　　《難經》問世以後，歷代醫家為之作注解的，不下數十家。此外，還有日本人名古屋玄醫、滕萬卿、丹波元胤等，也曾作過《難經》注解。

　　全書以闡明《內經》的要旨為主，用問答的體裁，輯為八十一難。內容包括生理、病理、診斷、治療等各方面，特別是對脈診的論述，尤為精要，有創造性的立說。對三焦和命門的學說，提出了新的論點，並比較系統地論述了奇經八脈的循行、功能與病症以及五腧穴、原穴、俞穴和募穴在針刺治療上的作用等。
 

第一篇   脈學
第一難　論切脈獨取寸口以診斷疾病的原理
第二難　論切脈的部位和陰陽屬性
第三難　論尺寸太過不及的反常脈象
第四難　論脈的陰陽
第五難　論診脈的輕重指法
第六難　論脈的陰陽虛實
第七難　論四季的旺脈
第八難　論寸口脈平而死的原理
第九難　論從遲數脈辨別臟腑疾病
第十難　論一臟脈象的十種變態
第十一難　論歇止脈與臟氣的關係
第十二難　論虛實誤治
第十三難　論色脈尺膚診法之間的關係
第十四難　論損至脈的病證和治法
第十五難　論四時正常和異常脈象
第十六難　論五臟疾病脈與證的關係
第十七難　論脈證相應與相反的預後
第十八難　論脈法三部與臟腑經脈的配合及積聚痼疾的脈象
第十九難　論男女的正常和反常脈
第二十難　論陰陽伏匿的脈象
第二十一難　論形病與脈病的關係
第二十二難　論是動所生病與氣血先後的關係
 
第二篇　經絡
第二十三難　論經脈的長度與循行以及寸口、人迎脈在診斷上的價值
第二十四難　論陰陽各經氣絕的症狀和預後
第二十五難　論十二經脈之數
第二十六難　論十五別絡之數
第二十七難　論奇經的含義和內容
第二十八難　論奇經八脈的循行和起止點
第二十九難　論奇經八脈的病證
 
第三篇　臟腑
第三十難　論營衛的生成與循行
第三十一難　論三焦的部位和功能
第三十二難　論心肺的部位與氣血營衛的關係
第三十三難　論肝肺浮沉與陰陽五行的關係
第三十四難　論五臟所主的聲色臭味液及五臟與七神的關係
第三十五難　論腑的功能和臟腑相合
第三十六難　論腎與命門
第三十七難　論五臟與七竅的關係及陰陽氣血的生理病理
第三十八難　論臟五腑六
第三十九難　論腑五臟六
第四十難　論鼻臭耳聞與內臟的關係
第四十一難　論肝有兩葉
第四十二難　論人體臟腑的解剖與功能
第四十三難　論不進飲食七日而死的原理
第四十四難　論七沖門的名稱和部位
第四十五難　論八會的部位和主治
第四十六難　論老少寤寐不同的原因
第四十七難　論面部獨能耐寒的原因
 
第四篇　疾病
第四十八難　論疾病的三虛三實
第四十九難　論正經自病與五邪所傷的區別
第五十難　論五邪傳變
第五十一難　論喜惡與臟腑疾病的關係
第五十二難　論臟腑發病的根本不同
第五十三難　論七傳與間臟的傳變和預後
第五十四難　論臟病腑病治療的難易
第五十五難　論積與聚的症狀和鑒別
第五十六難　論五臟積病
第五十七難　論五泄的名稱和症狀
第五十八難　論外感病的種類及其脈象
第五十九難　論狂病與癲病的鑒別
第六十難　論厥痛與真痛
第六十一難　論望、聞、問、切
 
第五篇　腧穴
第六十二難　論臟腑井、滎穴數目的不同
第六十三難　論井穴為始的道理
第六十四難　論井、滎、俞、經、合穴的陰陽五行屬性
第六十五難　論井穴、合穴出入的意義
第六十六難　論十二經原穴與三焦的關係
第六十七難　論五臟募穴和俞穴的意義及其治療作用
第六十八難　論井、滎、俞、經、合五穴的意義和主治的病症
 
第六篇　針法
第六十九難　論補母瀉子的治療方法
第七十難　論四時的不同刺法
第七十一難　論針刺榮衛的深淺
第七十二難　論迎隨補瀉的針刺方法
第七十三難　論刺井瀉滎法的運用
第七十四難　論四時五臟的針刺方法
第七十五難　論肝實肺虛應用瀉火補水法的原理
第七十六難　論補瀉的方法和步驟
第七十七難　論上工與中工治病技術的差別
第七十八難　論針刺補瀉的手法
第七十九難　論迎隨和母子補瀉法的結合
第八十難　論候氣進針與出針
第八十一難　論虛實證誤用補瀉的後果

附：主要校勘版本和參考書目